A Administração no âmbito da Universidade consiste no exercício continuado de planejar, organizar, dirigir e controlar as atividades que dão sustentação ao cumprimento da missão institucional de produzir e socializar o conhecimento nas diversas áreas do saber. Para enfrentar os desafios de administrar uma Instituição multicampi e multiregional como a UNEB, tem sido adotado um modelo de gestão flexível e descentralizado, com a participação ativa dos Departamentos de Ensino.