A Pós-Graduação objetiva a qualificação de profissionais pesquisadores responsáveis por uma produção científica, tecnológica e cultural de qualidade na Universidade. O Plano de Ação para a Pós-Graduação trouxe a ampliação de programas e cursos de pós-graduação lato sensu e stricto sensu, nas diversas áreas de conhecimento. São cursos de especialização presenciais e a distância, mestrados e doutorados, ofertados em Salvador e no interior da Bahia. A Pesquisa na UNEB destaca-se pelo crescimento expressivo e pela interiorização de suas ações, consequência do compromisso assumido pela Universidade, com o desenvolvimento local e regional do estado.