A Agência UNEB de Inovação está ligada diretamente à Reitoria, e é responsável pela criação e gestão da Política de Inovação da UNEB. Atua na perspectiva de identificar e apoiar o desenvolvimento de tecnologias inovadoras, proteger a propriedade intelectual, promover a transferência de conhecimento e estimular a interação entre a UNEB e a sociedade, visando contribuir para o desenvolvimento social e econômico do Estado da Bahia. A criação da Agência UNEB de Inovação e suas atribuições constam nas Resoluções nº 685 e nº 686, aprovadas pelo CONSU em março de 2009. Os documentos estabelecem normas que definem os responsáveis pela gestão da propriedade Intelectual e a titularidade dos direitos, estimulando os processos de inovação tecnológica, proteção e registro do conhecimento gerado na universidade, assim como o estabelecimento de parcerias com empresas e órgãos governamentais.